只見駅の裏にそびえる要害山の中腹にある大きな奇岩を御神体として祀っています。参道には、三石の由来となる３つの奇岩があり、それぞれに謂れがあります。
最初の「一の岩」は、空いている穴の中に頭を入れて祈ると頭の病気が治り、頭がよくなると言われています。二の岩「泪岩」は、一年中岩から水がしみ出しており、その水で目を洗うと眼病が治ると言われています。本殿の三の岩「縁結びの岩」は巨大な奇岩で、これは一見の価値有り！
岩には無数の小さな穴があり、「５円玉が通されたこより」を、この穴に通して結べれば良縁が結ばれると言われています。
三石神社社殿には、少し山道を登らなければならないため、歩きやすい恰好で行くようにしましょう！また、三石神社の中腹から行ける「ゆり平」は、ヒメサユリと只見町を一望できるスポットでもあります。